Năm 1939, hải quân Đức không đủ sức đánh lại lực lượng phối hợp hải quân Anh và hải quân Pháp. Đức phải dùng chiến lược tấn công tàu buôn của đối phương bằng tàu chiến, tàu buôn vũ trang, tàu ngầm và máy bay oanh tạc. Khi thế chiến thứ hai bùng nổ hải quân Đức đã có mặt trên Đại Tây Dương với nhiều tàu ngầm, tàu tác chiến nhỏ với hỏa lực cao (Panzerschiff), như chiến hạm Deutschland và chiếc tuần dương nổi tiếng Admiral Graf Spee.

Trong vòng vài tiếng sau khi Anh-Pháp tuyên chiến với Đức, hải quân Đức ra tay tấn công thuyền bè của đối phương. Tàu ngầm U-30 của Đức bắn chìm chiếc tàu du lịch SS Athenia mặc dầu có lệnh không được đánh chìm tàu chở khách. Trong thời gian đầu hạm đội tàu ngầm của Đức chỉ có 57 chiếc, phần lớn là loại nhỏ, tầm hoạt động ngắn, thường chỉ dùng vào việc thả thủy lôi và hành quân dọc bờ biển Anh. Đa số các cuộc tấn công tàu buôn lúc này dùng mìn do tàu khu trục gài đặt, máy bay oanh tạc và tàu ngầm đánh phá bên ngoài hải phận các hải cảng của Anh.

Quân Anh-Pháp cũng ra sức dùng hải quân bao vây Đức, nhưng trên thực tế không gây ảnh hưởng gì đáng kể đến kỹ nghệ Đức. Hải quân Anh đồng thời thiết kế hệ thống hộ tống tàu buôn, nhiều đoàn đến từ những nơi xa như Panama, Bombay và Singapore - luôn luôn canh phòng chờ đợi tàu ngầm địch đến đánh phá. Winston Churchill lúc này đang là bộ trưởng hải quân Anh, muốn các đoàn tàu phải chủ động tác chiến với hải quân Đức hơn là tình trạng chờ đến mới chống trả. Hải quân Anh thành lập các phi đội từ các hàng không mẫu hạm trinh sát dọc hành lang của các tuyến tàu buôn, truy lùng và phá hủy tàu ngầm Đức - nhưng kế hoạch này thất bại vì tàu ngầm của Đức quá nhỏ và lặn quá nhanh, không thể phát hiện được từ máy bay, và cho dù có phát hiện được vũ khí trang bị trên máy bay lúc này không đủ sức phá hủy được tàu ngầm. Ngày 14 tháng 9 năm 1939, hàng không mẫu hạm HMS Ark Royal suýt bị đánh chìm khi bị tàu ngầm U-39 bắn. May mắn là ngư lôi nổ sớm trước khi đến gần chiến hạm. Chiếc U-39 ngay sau đó bị các chiến hạm hộ tống đánh chìm. Đây là chiếc U-Boat đầu tiên bị tiêu diệt. Ba ngày sau hải quân Anh mới thấu hiểu thất bại của kế hoạch truy lùng khi hàng không mẫu hạm HMS Courageous bị U-Boat U-29 đánh chìm.

Một tháng sau, thuyền trưởng Đức Günther Prien chỉ huy chiếc U-47 lặn tuốt vào căn cứ hải quân Anh tại Scapa Flow là đánh chìm chiến hạm HMS Royal Oak đang thả neo tại đó. Sau cuộc đánh phá táo bạo này Prien được Đức ban danh hiệu chiến sĩ anh hùng.

Tại phía nam của Đại Tây Dương, chỉ trong ba tháng chiến hạm Admiral Graf Spee của Đức phá hủy hơn 50.000 tấn tàu bè, gây rất nhiều tổn thất cho Đồng Minh. Hải quân Anh-Pháp mở cuộc truy lùng ráo riết chiến hạm này. Trong khi đó chiếc Deutschland cũng đạt nhiều thành tích trên mạng bắc đại dương. Đến giữa tháng 12 năm 1939 thì chiếc Admiral Graf Spee bị một lực lượng nhỏ của hải quân Anh phát hiện đang đánh phá tàu bè tại cửa sông biên giới Argentina-Uruguay (Río de la Plata). Sau khi bắn bị hỏng nặng, Admiral Graf Spee trốn về cảng trung lập Montevideo rồi tự đánh đắm ngay sau đó.

Sau một loạt đụng độ đầu tiên, chiến trường Đại Tây Dương lắng xuống một thời gian. Đại đô đốc Đức Karl Dönitz tăng cường lực lượng tàu ngầm, dồn hết các U-Boat ra biển. Kế hoạch này gặp khó khăn vì tàu ngầm cứ phải về căn cứ lấy thêm nhiên liệu và tiếp tế vũ khí. Ngoài ra thời tiết lạnh giá mùa đông cuối năm 1939 làm nhiều tàu ngầm bị kẹt trong băng đá.

Đến mùa xuân năm 1940, Hitler đặt kế hoạch cuộc tấn công các nước Bắc Âu, triệu tập các chiến thuyền và tàu ngầm đang hoạt động tại tây-nam Đại Tây Dương về biển Bắc để bắt đầu chiến dịch Weserübung.

Ngư lôi từ trường của U-Boat thường nổ quá sớm trước khi chạm được đến tàu địch hoặc chạy bên dưới gầm tàu. Suốt một thời gian, quân Đức không bắn phá được chiến hạm địch vì lỗi này. Bộ kỹ nghệ thiết kế vũ khí thì cho rằng lỗi là do thuỷ thủ không biết sử dụng. Nhưng sau đó họ khám phá ra trục trặc về từ trường do thay đổi theo vĩ tuyến xứ lạnh và độ sâu của tàu ngầm. Hải quân Đức sau đó phải dựa theo thiết kế ngư lôi của Đồng Minh.

Trong trận chiến Đại Tây Dương cảng Gibraltar là một căn cứ chiến lược trọng yếu của quân Anh, kiểm soát lưu thông giữa Đại Tây Dương và Địa Trung Hải. Cảng này được xây dựng và củng cố quân sự rất vững chắc.